Melaksanakan koordinasi penyusunan program dan anggaran, pengelolaan keuangan, kepegawaian, ketatausahaan, kerumahtanggaan, serta urusan umum di lingkungan Dinas Perhubungan. Sekretariat membawahi Subbagian Perencanaan Program dan Keuangan, Subbagian Umum, serta Subbagian Tata Usaha, dan memberikan dukungan administratif bagi seluruh bidang.

Menyelenggarakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan di bidang lalu lintas dan angkutan jalan. Lingkup tugasnya meliputi penetapan rencana induk jaringan LLAJ provinsi, manajemen dan rekayasa lalu lintas, penyediaan dan pemeliharaan perlengkapan jalan, pengujian serta audit keselamatan, dan penyelenggaraan pelayanan angkutan orang dan barang antar kabupaten/kota dalam provinsi (AKDP).

Menyelenggarakan kebijakan di bidang pelayaran serta angkutan sungai, danau, dan penyeberangan (ASDP) sesuai kewenangan provinsi. Mencakup urusan kepelabuhanan, angkutan pelayaran rakyat, pembinaan badan usaha pelayaran, serta keselamatan dan ketertiban pelayaran.

Menyelenggarakan pengembangan sistem dan inovasi layanan transportasi serta urusan perkeretaapian dan angkutan udara sesuai kewenangan provinsi. Mencakup penyusunan rencana induk, kajian pengembangan jaringan dan simpul transportasi, serta fasilitasi perizinan dan kerja sama terkait.

Unit Pelaksana Teknis yang mengelola operasional terminal penumpang tipe B kewenangan provinsi. Melayani keberangkatan dan kedatangan angkutan umum, penataan arus kendaraan dan penumpang, serta pengawasan dan ketertiban kegiatan di dalam terminal.

Wadah para pejabat fungsional (antara lain Analis Kebijakan dan jabatan fungsional lainnya) yang melaksanakan tugas teknis sesuai keahlian dan jenjang jabatannya untuk mendukung tugas dan fungsi Dinas. Kelompok ini tidak menginduk pada satu bidang teknis tertentu.